转基因作物因为是人工制造的品种，我们可以把这些品种看作为自然界原来不存在的外来种。一般说来，外来种对环境或生物多样性造成威胁或危险会有一段较长的时间。有时需10年的时间，或更长的时间。转基因作物商品化种植至今最长也就是5～6年的时间，一些潜在风险在这么短的时间内不一定能表现出来。

举一个例子关于GMOs对生物多样性的影响。Losey等（Losey et al., 1999）的实验结果在Nature上发表后引起了很大的轰动。他们在实验室中用加有Bt玉米花粉的马利筋叶片来喂饲大斑蝶幼虫，加普通玉米花粉及不加玉米花粉的马利筋叶片作为对照，结果说明喂饲加有Bt玉米花粉的马利筋的幼虫第二天死亡10%以上，4天后死亡44%，而对照全部存活。此外，对加有Bt玉米花粉的马利筋摄取量小，幼虫生长缓慢，重量只有喂饲无花粉叶片的幼虫的一半。从另外一角度也可能威胁大斑蝶的生存，在无转基因抗除草剂作物前，除草剂一般只能在作物种子萌发前喷洒一次。在种植抗除草剂作物后，就可在作物生长期多次喷洒除草剂，杀死杂草而对作物无威胁，随着多次除草剂的喷洒，马利筋就大量减少。由于大斑蝶的惟一的食物是马利筋，随着马利筋大量减少，也就威胁到大斑蝶的物种的生存。大斑蝶是一种非常漂亮的蝴蝶，深受美国人民的喜爱。