环境安全性分析包括生存竞争性、生殖隔离距离、与近缘野生种的可交配性及对非靶生物的影响等。

⑴ 生存竞争性 生存竞争性可从以下几个方面进行考察：①生长势；②种子活力及越冬能力；③抗病、抗虫、抗除草剂、抗逆能力。转基因植物的生长势、种子活力及越冬能力与非转基因植物差别不大。除抗病、抗虫、抗除草剂、抗逆的转基因植物外，不可能提高其生存竞争性。

⑵ 生殖隔离距离 生殖隔离是田间试验中防止基因漂流至临近植物中的一项重要措施，所需的隔离距离随植物的生殖特性、传粉方式及环境条件而定。人们主要关心通过花粉漂流将抗除草剂的基因转到可交配的杂草上，使杂草获得除草剂抗性，特别是在同一地区推广具有不同除草剂抗性的植物时，更应考虑其可能的风险性。若这些除草剂抗性基因都转到同一杂草上，则会使所有的除草剂都失效。在转基因植物周围设置缓冲植物带，对减少花粉传播距离有明显的作用。

⑶ 与近缘野生种的可交配性 转基因植物与近缘野生种的可交配性视物种及地理环境而定。在自然条件下，可交配性一般很小。

⑷ 对非靶生物的影响 ①对土壤微生物区系的影响。一般情况下，转基因植物与非转基因植物相比，对土壤微生物的种类和数量没有影响。但Hoffmann等发现转基因油菜中的基因可转至黑曲霉中。②对有益和有害昆虫的影响。研究表明：转苏云金杆菌基因或几丁质酶基因的油菜对蜜蜂传粉和觅食偏爱没有影响；抗烟草花叶病毒的转基因番茄对采花类昆虫无影响；抗水稻条纹病毒的转基因水稻也对昆虫无影响。③转基因植物残渣对后季植物的影响与非转基因植物相比没有明显区别。

⑸ 病毒发生异源包装的可能性 当有其它病毒入侵时，入侵病毒的核酸可能会被转基因植物表达的病毒外壳蛋白所包装，从而改变病毒的寄主范围。这在实验室试验中已获得证据，但在田间试验中尚未发现病毒的异源包装。病毒异源包装的真正危险究竟有多大？这仍是今后安全性评价中应当考虑的重点问题之一。