根据2002年澳大利亚联邦政府和各联邦区、州达成的《食品法规协议》,为了在全国范围内保护消费者健康,做到控制整个食物链的食品安全,成立澳新食品法规部级委员会(Australia and New Zealand Food Regulation Ministerial Council)——该委员会由各州的卫生部长或初级工业部长参加,与农业部、消费者事务部等其他部门联合组成,由卫生部长担任主席。委员会负责制定国内食品法规、政策及食品标准,有权采纳、修订或废止食品标准。委员会下设常务委员会,由各部的部门负责人组成,负责协调委员会的日常事务。食品法规常务委员会下设执行分委员会,其职能是执行相关法规、标准。澳大利亚对食品的监管工作由检验检疫部门、卫生部门、农林渔业部门及地方政府根据法规和标准具体执行。
根据澳大利亚新西兰食品标准法案,澳新食品标准局(Food Standards Australia New Zealand)负责制定澳新的食品标准。澳新食品标准局是两国联合的独立标准制定机构,根据相关申请或建议经过一套严格的程序起草食品标准,报请澳新食品法规部级委员会批准发布。食品安全法规、标准的执行则由各州卫生部门负责,进出口食品由澳大利亚检疫局(AQIS)负责。